Khái niệm này được đưa ra dưới tên gọi cây vị trí (position tree) bởi Weiner năm 1973,[1] mà Donald Knuth sau đó gọi là "Thuật toán của năm 1973". Thuật toán được đơn giản hóa bởi McCreight năm 1976,[2] và bởi Ukkonen năm 1995.[3][4] Ukkonen đưa ra thuật toán trực tuyến đầu tiên cho việc xây dựng cây hậu tố, nay gọi là thuật toán Ukkonen, với thời gian chạy nhanh ngang với thuật toán nhanh nhất khi đó. Các thuật toán này có thời gian chạy tuyến tính khi kích thước bảng chữ cái là hằng số, và có thời gian chạy xấu nhất là O ( n log ⁡ n ) {\displaystyle O(n\log n)} trong trường hợp tổng quát.

Năm 1997, Martin Farach[5] đưa ra thuật toán xây dựng cây hậu tố đầu tiên chạy trong thời gian tuyến tính cho mọi bảng chữ cái. Cụ thể hơn, đây là thuật toán thời gian tuyến tính đầu tiên cho xâu ký tự có bảng chữ cái kích thước đa thức. Thuật toán Farach nay đã trở thành thành phần cơ bản cho các thuật toán mới cho việc xây dựng cây hậu tố cũng như mảng hậu tố, trong bộ nhớ ngoài, nén, v.v...